Para su despliegue, la Unidad Militar de Emergencias se estructura orgánicamente en:

Cuartel General, en Torrejón de Ardoz (Madrid).

Unidad de Cuartel General, en Torrejón de Ardoz (Madrid).

Regimiento de Apoyo e Intervención en Emergencias (RAIEM), en Torrejón de Ardoz (Madrid)

Batallón de Transmisiones (BTUME), en Torrejón de Ardoz (Madrid).

Primer Batallón de Intervención en Emergencias (BIEM I), en Torrejón de Ardoz (Madrid).

Segundo Batallón de Intervención en Emergencias (BIEM II), en Morón (Sevilla).

Tercer Batallón de Intervención en Emergencias (BIEM III), en Bétera (Valencia).

Cuarto Batallón de Intervención en Emergencias (BIEM IV), en Zaragoza.

Quinto Batallón de Intervención en Emergencias (BIEM V), en San Andrés de Rabanedo (León).

Escuela Militar de Emergencias (EMES), en Torrejón de Ardoz (Madrid)

Para su funcionamiento, el RAIEM se articula en Mando y Plana Mayor, Compañía de Plana Mayor y Servicios, Grupo de Apoyo a Emergencias y Grupo de Intervención en Emergencias Tecnológicas y Medioambientales (GIETMA).

Cada uno de los BIEM, a su vez, está compuesto por Mando y Plana Mayor, Compañía de Plana Mayor y Servicios, dos Compañías de Intervención en Emergencias Naturales (CIEN) y una Compañía de Ingenieros (CING). Además el BIEM II tiene la particularidad de disponer de una unidad en las Islas Canarias, ubicadas en dos destacamentos en las islas de Gran Canaria (Base de Gando) y Tenerife (Acuartelamiento Los Rodeos).

Por su parte, el BTUME se compone de Mando y Plana Mayor, Compañía de Plana Mayor y Servicios, Compañía de Transmisiones de Puesto de Mando Fijo y Compañía de Transmisiones de Puestos de Mando Desplegables.

En total, 3.318 militares (de las que 240 son mujeres, lo que hace un 7.23% del total) entre Cuadros de Mando y personal de Tropa y Marinería, con gran formación especifica para el cumplimiento de su misión.